Chính phủ Ecuador đã đưa 97% diện tích đất của quần đảo Galápagos để hình thành vườn quốc gia đầu tiên của nước này. 3% còn lại là vùng dân cư của Santa Cruz, San Cristóbal, Floreana và Isabela.

Trong năm 1971, ban quản lý đầu tiên của vườn quốc gia được hình thành và đóng tại đảo Santa Cruz. Năm 1974, vườn quốc gia Galápagos lên kế hoạch quản lý với bộ máy bao gồm một Giám đốc, 2 cán bộ bảo tồn, 40 kiểm lâm viên để thực hiện mục tiêu quản lý. Tại đảo Santa Cruz là Trạm nghiên cứu Charles Darwin.

Năm 1979, UNESCO đã công nhận quần đảo Galápagos là Di sản thiên nhiên của nhân loại, các dịch vụ tại vườn quốc gia phải được thông qua bởi Giám đốc và công việc bảo vệ cũng phải diễn ra thường xuyên hơn tại các đảo.

Năm 1986. Khu bảo tồn Biển Galápagos được thành lập cùng với việc vườn quốc gia Galápagos đã được đưa vào danh sách các khu bảo tồn sinh quyển vì giá trị khoa học và giáo dục độc đáo của nó cần được bảo tồn vĩnh viễn cho các thế hệ sau.

Năm 2007, UNESCO đưa vườn quốc gia Galápagos vào danh sách Di sản thế giới trong tình trạng bị đe dọa,[2] bởi các mối nguy hiểm do tốc độ phát triển chóng mặt của con người trong mọi lĩnh vực bao gồm nhập cảnh, du lịch và thương mại, cùng khả năng về loài xâm lấn đến các đảo gây ảnh hưởng đến hệ động thực vật tại vườn quốc gia. Điều này thể hiện sự nguy hiểm trầm trọng đến hệ sinh thái mong manh đã tiến hóa qua hàng triệu năm trong sự cô lập của tự nhiên.[3][4]